Прошло несколько недель после событий финала мультсериала «Бен 10: Инопланетная сила», в котором Вилгакс сдался. Бену Теннисону исполнилось 16 лет. Омнитрикс был разрушен и теперь ему нужно осваивать секреты Ультиматрикса — новая версия Омнитрикса, которая даёт доступ ко всем прошлым формам и способностям, а также позволяет ему развивать более сильные и мощные их версии, так называемые Совершенные Формы (Ультимейт).